Những ghi nhận đầu tiên về dân cư ở vùng đô thị Zaprešić có niên đại từ thời kỳ đồ đá mới, bằng chứng là những chiếc rìu đá tại Brdovec, ngoài ra còn có rìu từ thời kỳ đồ đồng đá tìm thấy tại Marija Gorica. Dấu vết của văn hóa Halstatt được phát hiện tại Sveti Križ. Người La Mã đã để lại đấu ấn của họ tại Zaprešić trên tuyến đường Siscia–Neviodunum–Emona, con đường chạy dọc theo bên bờ tây sông Sava qua khu vực Zaprešić, ngay gần các điểm dân cư hiện đại.[8]

Không có mấy thông tin vào thiên niên kỷ 1 được ghi nhận, Zaprešić được nhắc tới một lần nữa vào thế kỷ 11. Năm 1094, sau sự thành lập của Giáo khu Zagreb, Ača, một cố vấn của Vua Ladislav I của Croato–Hung, đã chọn vùng đất phía tây và đông núi Medvednica để bảo vệ giáo khu mới này. Zaprešić trở thành một phần của thái ấp Susedgrad–Stubica, thái ấp lớn thứ hai trong hạt Zagreb thuộc Croato-Hung.[8] Năm 1334, nhà thờ giáo sứ St. Peter được thành lập tại Zaprešić, đánh dấu lần đầu tiên có sự định cư thời hiện đại tại Zaprešić. Điểm dân cư phát triển nhanh, là một tuyến thương mại và giao thông quan trọng. Tuyến đường sắt đầu tiên của Croatia cũng băng qua Zaprešić.[8]

Vào thế kỷ 15 và 16, người tị nạn từ Lika đến Zaprešić để trốn tranh người Ottoman. Một vài trong số cũng người tị nạn này được gọi là Thầy tu dòng Francis Brdovec, Chúa tể Zylagy của Susedgrad đã xây một tu viên cho họ tại Marija Gorica. Người tị nạn mang đến phương ngữ Ikavia, được lưu giữ từ lâu tại vài cộng đồng nhỏ ở Zaprešić, dù vùng Zaprešić về mặt lịch sử nói giọng Kajkavia Ekavia.[8] Vùng này từng sôi sục bởi cuộc khởi nghĩa nông dân 1573, dẫn đầu bởi Matija Gubec, người, theo nhà lịch sử học Ivan Kukuljević Sakcinski, từng quản lý Jablanovec, một phần của Zaprešić hiện đại.[9] Một nhà lãnh đạo khởi nghĩa khác là Ilija Gregorić, sống tại Marija Gorica.[8]

Hai năm sau, thái ấp lớn Susedgrad và Stubica bắt đầu phân chia thành nhiều thái ấp nhỏ được sở hữu bởi những quý tộc cấp thấp. Sau Thế chiến thứ nhất, khu công nghiệp thịt đầu tiên của Croatia, Industrija mesnih proizvoda, được khánh thành ở đây.[8]

Zaprešić được thành lập chính thức năm 1952, khi Khu tự quản Zaprešić (tiếng Croatia: Općina Zaprešić) được thiết lập. Khu tự quản được điều hành như một phần của kotar Zagreb và sau đó là Thành phố Zagreb.[10][11] Thành phố Zaprešić (Grad Zaprešić) được sáp nhập vào ngày 30 tháng 11 năm 1995. Ngày đó, những phần của những khu tự quản xung quanh, gồm Pušća, Hruševec Kupljenski và Thành phố Zagreb được gộp lại thành Thành phố Zaprešić mới.[note 2] Điểm dân cư Merenje được quản lý bởi Zaprešić từ ngày 17 tháng 1 năm 1997.[12]